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Siestaのインストールそて計算まで

横浜市立大学 ミケレット研究室

藤井 祐輔

 

まずはsiesta4.0.1をダウンロードしましょう。

 

① そしてフォルダーを作ります。名前は何でも良いですがあえてsiestaとしておくと分かりやすいでしょう。

      

② この作ったフォルダーの中にsiestaの圧縮ファイルsiesta-4.0.1.tar.gzを展開させます。するとフォルダー

の中にsiesta-4.0.1ができます。

 

③ siesta-4.0.1の中に入りobjectという名でディレクトリを作ってください

 

④ できたobject の中に入り sh../src/obj_setup.sh とタイプしてください。

 なおプログラムをコンパイルしたいだけなら、Objに行き、コマンドsh../src/obj_setup.sh を発行してください。

⑤ ここからarch make ファイルを作成します。

 このarck makeファイルの元になるのはsiesta4.0.1のsiesta/src/sycの中に存在しています。この中から今 

 使っているコンピューターにあったものを選択して先ほど作ったobjectの中にコピーします。このコピーした

 ファイルをarck.makeという名前に変更してください。このobject内でmakeとタイプするとsiesta-4.0.1が 

 使用できるようになります。object内にsiestaのプログラムが出来上がります。 arch.makeファイルの細か 

 い点について、実行がうまくいかなかった場合は、Src / Sys / DOCUMENTED-TEMPLATE.makeを参

 照することを強くお勧めします。コマンドに説明が記載されているので分かりやすいと思います。また、Src / Sys サブディレクトリの実際のarch.makeの例を見ることでインスピレーションを得ることもできます。

⑥ 実際に測定したい試料のデータはsiestaのプログラムが入っているobject内では保存しないようにしてください。一つ戻って。siesta-4.0.1内にmyworkなど自分が好きな名前でいいのでそこにディレクトリを作成して、その中に入れましょう。以下myworkとして書いていきます。

 

⑦ さて試料をsiestaに計算させてみましょう。この時siestaのプログラムと測定したい試料は別のファイルに

 存在しているのでどうすればいいのかというと、上記に従った場合は ln -s ../object/siesta と入力すれば

 mywork内にあたかもsiestaが存在するようになって計算をすすめることができます。

 

mpirun -np 8 siesta < 入力ファイル名 > 出力ファイル名

 

 とタイプすれば計算が始まります。 なお-npのあとの数字はコンピューターごとに違うので注意してください。

 

 

オプションで、コマンド../Src/configureはシステムの自動スキャンを開始し、arch.makeを構築しようとします。 configureスクリプトはFortranコンパイラを見つけるためにいくつかの助けが必要であり、作成されたarch.makeは最適ではないかもしれませんが、コンパイラスイッチとプリプロセッサ定義に関しては最適ですが、プロセスは合理的な最初のバージョンを提供する必要があります。 ../Src/configure --helpと入力すると、スクリプトが理解できるフラグが表示され、明示的に使用するいくつかの例については、Src / Confsサブディレクトリを参照してください。